El BSC-CNS està organitzat en sis departaments principals: Ciències de la Computació, Ciències de la Vida, Ciències de la Terra, Aplicacions Computacionals en Ciència i Enginyeria (CASE), Operacions i Gestió.
Els departaments científics tenen diversos grups de recerca, cadascun encapçalat per un cap d’equip, que centren les seves activitats en l’estudi del maquinari i programari de sistemes per als supercomputadors del futur i en aplicacions per a la recerca en Ciències de la Vida, Ciències de la Terra i Enginyeria.
Els serveis de suport proporcionen suport tècnic i operatiu a científics i investigadors interns i externs, a col·laboradors i a altres institucions i socis industrials.
