Biological data integration and management

Primary tabs

Showing 1 - 10 results of 12

2022

BioExcel Building Blocks REST API (BioBB REST API), programmatic access to interoperable biomolecular simulation

Bioinformatics

G. Bayarri, P. Andrio, A. Hospital, M. Orozco, and J. Lluis Gelpí

2021

An agenda-setting paper on data sharing platforms: euCanSHare workshop

Open Research Europe

T. Devriendt, C. Ammann, F. W. Asselbergs, A. Bernier, R. Costas, M. G. Friedrich, J. L. Gelpí, M-R. Jarvelin, K. Kuulasmaa, K. Lekadir, M. Th. Mayrhofer, V. Papez, G. Pasterkamp, S. E. Petersen, C. Oliver Schmidt, J. Schulz-Menger, S. Söderberg, M. Shabani, G. Veronesi, D. Steven Viezzer, and P. Borry
A Mouse Model Suggests That Heart Failure and Its Common Comorbidity Sleep Fragmentation Have No Synergistic Impacts on the Gut Microbiome

Microorganisms

O. Khannous-Lleiffe, J. R. Willis, E. Saus, I. Cabrera-Aguilera, I. Almendros, R. Farré, D. Gozal, N. Farré, and T. Gabaldón
Identifying causative mechanisms linking early-life stress to psycho-cardio-metabolic multi-morbidity: The EarlyCause project

PLOS ONE

N. Mariani, A. Borsini, C. A. M. Cecil, J. F. Felix, S. Sebert, A. Cattaneo, E. Walton, Y. Milaneschi, G. Cochrane, C. Amid, J. Rajan, J. Giacobbe, Y. Sanz, A. Agustí, T. Sorg, Y. Herault, J. Miettunen, P. Parmar, N. Cattane, V. Jaddoe, J. Lötjönen, C. Buisan, M. A. Gonzál Ballester, G. Piella, J. L. Gelpí, F. Lamers, B. W. J. H. Penninx, H. Tiemeier, M. von Tottleben, R. Thiel, K. F. Heil, M-R. Jarvelin, C. Pariante, I. M. Mansuy, and K. Lekadir

2020

Bioactive Conformational Ensemble Server and Database. A Public Framework to Speed Up In Silico Drug DiscoveryBioactive Conformational Ensemble Server and Database. A Public Framework to Speed Up In Silico Drug Discovery

Journal of Chemical Theory and Computation

S. Zivanovic, G. Bayarri, F. Colizzi, D. Moreno, J. Lluis Gelpí, R. Soliva, A. Hospital, and M. Orozco

2019

Nucleosome Dynamics: a new tool for the dynamic analysis of nucleosome positioningAbstract

Nucleic Acids Research

D. Buitrago, L. Codó, R. Illa, P. de Jorge, F. Battistini, O. Flores, G. Bayarri, R. Royo, M. Del Pino, S. Heath, A. Hospital, J. Lluis Gelpí, I. Brun Heath, and M. Orozco

2018

Genetic variation at the glycosaminoglycan metabolism pathway contributes to the risk of psoriatic arthritis but not psoriasis

Annals of the Rheumatic Diseases

A. Aterido, J. D. Cañete, J. Tornero, C. Ferrándiz, J. Antonio Pinto, J. Gratacós, R. Queiró, C. Montilla, J C. Torre-Alonso, J. J. Pérez-Venegas, A. Fernández Nebro, S. Muñoz-Fernández, C. M. González, D. Roig, P. Zarco, A. Erra, J. Rodríguez, S. Castañeda, E. Rubio, G. Salvador, C. Díaz-Torné, R. Blanco, A. Willisch Domínguez, J. Antonio Mosquera, P. Vela, S. Angel Sánchez-Fernández, H. Corominas, J. Ramírez, P. de la Cueva, E. Fonseca, E. Fernández, L. Puig, E. Dauden, J L. Sánchez-Carazo, J L. López-Estebaranz, D. Moreno, F. Vanaclocha, E. Herrera, F. Blanco, B. Fernández‐Gutiérrez, A. González, C. Pérez-García, M. Alperi‐López, A. Olivé Marques, V. Martínez‐Taboada, I. González-Álvaro, R. Sanmartí, C. Tomás Roura, A. C. García-Montero, S. Bonàs-Guarch, J M. Mercader, D. Torrents, L. Codó, J. Lluis Gelpí, M. López-Corbeto, A. Pluma, M. López-Lasanta, R. Tortosa, N. Palau, D. Absher, R. Myers, S. Marsal, and A. Julià
The reference epigenome and regulatory chromatin landscape of chronic lymphocytic leukemia

Nature Medicine

R. Beekman, V. Chapaprieta, N. Russiñol, R. Vilarrasa-Blasi, N. Verdaguer-Dot, J. H. A. Martens, M. Duran-Ferrer, M. Kulis, F. Serra, B. M. Javierre, S. W. Wingett, G. Clot, A. C. Queirós, G. Castellano, J. Blanc, M. Gut, A. Merkel, S. Heath, A. Vlasova, S. Ullrich, E. Palumbo, A. Enjuanes, D. Martín-García, S. Beà, M. Pinyol, M. Aymerich, R. Royo, M. Puiggròs, D. Torrents, A. Datta, E. Lowy, M. Kostadima, M. Roller, L. Clarke, P. Flicek, X. Agirre, F. Prosper, T. Baumann, J. Delgado, A. López-Guillermo, P. Fraser, M-L. Yaspo, R. Guigó, R. Siebert, M. A. Martí-Renom, X. S. Puente, C. López-Otín, I. Gut, H. G. Stunnenberg, E. Campo, and J. I. Martin-Subero

2017

Four simple recommendations to encourage best practices in research software

F1000Research

R. C. Jiménez, M. Kuzak, M. Alhamdoosh, M. Barker, B. Batut, M. Borg, S. Capella-Gutierrez, N. Chue Hong, M. Cook, M. Corpas, M. Flannery, L. Garcia, J L. Gelpí, S. Gladman, C. Goble, M. González Ferreiro, A. Gonzalez-Beltran, P. C. Griffin, B. Grüning, J. Hagberg, P. Holub, R. Hooft, J. Ison, D. S. Katz, B. Leskošek, F. López Gómez, L. J. Oliveira, D. Mellor, R. Mosbergen, N. Mulder, Y. Perez-Riverol, R. Pergl, H. Pichler, B. Pope, F. Sanz, M. V. Schneider, V. Stodden, R. Suchecki, R. Svobodová Vařeková, H-A. Talvik, I. Todorov, A. Treloar, S. Tyagi, M. van Gompel, D. Vaughan, A. Via, X. Wang, N. S. Watson-Haigh, and S. Crouch
Genome-wide pathway analysis identifies VEGF pathway association with oral ulceration in systemic lupus erythematosus

Arthritis Research & Therapy

A. Aterido, A. Julià, P. Carreira, R. Blanco, J. Javier López-Longo, J. Javier Pé Venegas, À. Olivé, J. Luís Andreu, M. Ángeles Aguirre-Zamorano, P. Vela, J. M. Nolla, J. Luís Mare de la Fuente, A. Zea, J. María Pego, M. Freire, E. Díez, M. López-Lasanta, M. López-Corbeto, N. Palau, R. Tortosa, J L. Gelpí, D. Absher, R. M. Myers, A. Fernández-Nebro, and S. Marsal

Pages