Salvador Capella Gutierrez

2024

• Recording provenance of workflow runs with RO-Crate

  PLOS ONE

  S. Leo, M. R. Crusoe, L. Rodriguez-Navas, R. Sirvent, A. Kanitz, P. De Geest, R. Wittner, L. Pireddu, D. Garijo, J. M. Fernández, I. Colonnelli, M. Gallo, T. Ohta, H. Suetake, S. Capella-Gutierrez, R. de Wit, B. P. Kinoshita, and S. Soiland-Reyes
• New developments for the Quest for Orthologs benchmark service

  NAR Genomics and Bioinformatics

  A. Altenhoff, Y. Nevers, V. Tran, D. Jyothi, M. Martin, S. Cosentino, S. Majidian, M. Marcet-Houben, D. Fuentes-Palacios, E. Persson, T. Walsh, O. Lecompte, T. Gabaldón, S. Kelly, Y. Hu, W. Iwasaki, S. Capella-Gutierrez, C. Dessimoz, P. D. Thomas, I. Ebersberger, and E. Sonnhammer
• Rare disease research workflow using multilayer networks elucidates the molecular determinants of severity in Congenital Myasthenic Syndromes

  Nature Communications

  I. Núñez-Carpintero, M. Rigau, M. Bosio, E. O’Connor, S. Spendiff, Y. Azuma, A. Topf, R. Thompson, P. A. C. ’t Hoen, T. Chamova, I. Tournev, V. Guergueltcheva, S. Laurie, S. Beltran, S. Capella-Gutierrez, D. Cirillo, H. Lochmüller, and A. Valencia
• Systematic assessment of long-read RNA-seq methods for transcript identification and quantification

  Nature Methods

  F. J. Pardo-Palacios, D. Wang, F. Reese, M. Diekhans, S. Carbonell-Sala, B. Williams, J. E. Loveland, M. De María, M. S. Adams, G. Balderrama-Gutierrez, A. K. Behera, J. M. Gonzale Martinez, T. Hunt, J. Lagarde, C. E. Liang, H. Li, M. Jerryd Meade, D. A. Moraga Amador, A. D. Prjibelski, I. Birol, H. Bostan, A. M. Brooks, M. Hasan Çelik, Y. Chen, M. R. M. Du, C. Felton, J. Göke, S. Hafezqorani, R. Herwig, H. Kawaji, J. Lee, J-L. Li, M. Lienhard, A. Mikheenko, D. Mulligan, K. Ming Nip, M. Pertea, M. E. Ritchie, A. D. Sim, A. D. Tang, Y. Kei Wan, C. Wang, B. Y. Wong, C. Yang, I. Barnes, A. E. Berry, S. Capella-Gutierrez, A. Cousineau, N. Dhillon, J. M. Fernandez-Gonzalez, L. Ferrández-Peral, N. Garcia-Reyero, S. Götz, C. Hernández-Ferrer, L. Kondratova, T. Liu, A. Martinez-Martin, C. Menor, J. Mestre-Tomás, J. M. Mudge, N. G. Panayotova, A. Paniagua, D. Repchevsky, X. Ren, E. Rouchka, B. Saint-John, E. Sapena, L. Sheynkman, M. Laird Smith, M-M. Suner, H. Takahashi, I. A. Youngworth, P. Carninci, N. D. Denslow, R. Guigó, M. E. Hunter, R. Maehr, Y. Shen, H. U. Tilgner, B. J. Wold, C. Vollmers, A. Frankish, K. Fai Au, G. M. Sheynkman, A. Mortazavi, A. Conesa, and A. N. Brooks
• FAIRsoft—a practical implementation of FAIR principles for research software

  Bioinformatics

  E. Martíndel Pico, J. Lluis Gelpí, and S. Capella-Gutierrez
• ONCOLINER: A new solution for monitoring, improving, and harmonizing somatic variant calling across genomic oncology centers

  Cell Genomics

  R. Martín, N. Gaitán, F. Jarlier, L. Feuerbach, H. de Soyres, M. Arbonés, T. Gutman, M. Puiggròs, A. Ferriz, A. Gonzalez, L. Estelles, I. Gut, S. Capella-Gutierrez, L. D. Stein, B. Brors, R. Royo, P. Hupé, and D. Torrents
• Rare disease research workflow using multilayer networks elucidates the molecular determinants of severity in Congenital Myasthenic Syndromes

  Nature Communications

  I. Núñez-Carpintero, M. Rigau, M. Bosio, E. O'Connor, S. Spendiff, Y. Azuma, A. Topf, R. Thompson, T. Chamova, I. Tournev, V. Guergueltcheva, S. Laurie, S. Beltran, S. Capella-Gutierrez, D. Cirillo, H. Lochmüller, and A. Valencia
• WOMBAT-P: Benchmarking Label-Free Proteomics Data Analysis Workflows

  Journal of Proteome Research

  D. Bouyssié, P. Altıner, S. Capella-Gutierrez, J. M. Fernández, Y. Paco Hagemeijer, P. Horvatovich, M. Hubálek, F. Levander, P. Mauri, M. Palmblad, W. Raffelsberger, L. Rodriguez-Navas, D. Di Silvestre, B. Tibor Kunkli, J. Uszkoreit, Y. Vandenbrouck, J. Antonio Vizcaíno, D. Winkelhardt, and V. Schwämmle

2023

• RegulonDB v12.0: a comprehensive resource of transcriptional regulation in E. coli K-12

  Nucleic Acids Research

  H. Salgado, S. Gama-Castro, P. Lara, C. Mejia-Almonte, G. Alarcón-Carranza, A. G. López-Almazo, F. Betancourt-Figueroa, P. Peña-Loredo, S. Alquicira-Hernández, D. Ledezma-Tejeida, L. Arizmendi-Zagal, F. Mendez-Hernandez, A. K. Diaz-Gomez, E. Ochoa-Praxedis, L. J. Muñiz-Rascado, J. S. García-Sotelo, F. A. Flores-Gallegos, L. Gómez, C. Bonavides-Martínez, V. M. del Moral-Chávez, A. J. Hernández-Alvarez, A. Santos-Zavaleta, S. Capella-Gutierrez, J. Lluis Gelpí, and J. Collado-Vides
• The FAIR Cookbook - the essential resource for and by FAIR doersAbstractThe FAIR Cookbook - the essential resource for and by FAIR doers

  Scientific Data

  P. Rocca-Serra, W. Gu, V. Ioannidis, T. Abbassi-Daloii, S. Capella-Gutierrez, I. Chandramouliswaran, A. Splendiani, T. Burdett, R. T. Giessmann, D. Henderson, D. Batista, I. Emam, Y. Gadiya, L. Giovanni, E. Willighagen, C. Evelo, A. J. G. Gray, P. Gribbon, N. Juty, D. Welter, K. Quast, P. Peeters, T. Plasterer, C. Wood, E. van der Horst, D. Reilly, H. van Vlijmen, S. Scollen, A. Lister, M. Thurston, R. Granell, G. Backianathan, S. Baier, A. Cambon Thomsen, M. Cook, M. Courtot, M. d’Arcy, K. Dauth, E. Marin del Piico, L. Garcia, U. Goldmann, V. Grouès, D. J. B. Clarke, E. Lefloch, I. Liyanage, P. Papadopoulos, C. Pommier, E. Reynares, F. Ronzano, A. Delfin-Rossaro, V. Sagatopam, A. Sedani, V. Sedlyarov, L. Shilova, S. Singh, J. Strubel, K. van Bochove, Z. Warnes, P. Woollard, F. Xu, A. Zaliani, and S-A. Sansone