El BSC-CNS está organizado en 6 departamentos principales: Ciencias de la Computación, Ciencias de la Vida, Ciencias de la Tierra, Aplicaciones Computacionales en Ciencia e Ingeniería (CASE), Operaciones y Gestión.
Los departamentos científicos tienen diversos grupos de investigación, cada uno de ellos encabezado por un jefe de equipo, que centran sus actividades en el estudio del hardware y software de sistemas para los supercomputadores del futuro y en aplicaciones para la investigación en Ciencias de la Vida, Ciencias de la Tierra e Ingeniería.
Los servicios de apoyo proporcionan apoyo técnico y operativo a científicos e investigadores internos y externos, a colaboradores y a otras instituciones y socios industriales.
