El BSC cuenta con la acreditación de Centro de Excelencia Severo Ochoa. El Gobierno de España concede el sello Severo Ochoa a las entidades de investigación nacionales consideradas las más competitivas internacionalmente en sus respectivos campos, que muestren liderazgo científico y cuyos resultados hayan tenido un impacto significativo. El reconocimiento va acompañado de una subvención de cuatro millones de euros para llevar a cabo un programa de medidas encaminadas a incrementar aún más la fortaleza científica e institucional de los premiados.
El BSC obtuvo por primera vez el premio Severo Ochoa en 2011 (SEV-2011-0067). Renovó la concesión en 2015 (SEV-2015-0493) para un programa desarrollado en el período 2016-2020. El centro consiguió la acreditación por tercera vez en 2022, para llevar a cabo una serie de medidas encaminadas a la mejora continua durante el periodo 2023-2027.
Los objetivos específicos del programa Severo Ochoa son:
- Mejorar la capacidad de los centros de investigación de alto nivel para organizar y llevar a cabo sus investigaciones
- Mejorar su capacidad para atraer, reclutar, formar y retener talento
- Crear y/o consolidar sus relaciones con otros centros de investigación de excelencia
- Difundir los resultados de la investigación al público en general.
Cada año se designa un número limitado de centros Severo Ochoa tras un riguroso proceso de selección. Al final de su período de acreditación de cuatro años, pueden volver a solicitar el premio.