La predicción y reproducción de las macromoléculas biológicas (es decir, las máquinas de la vida) es la gran asignatura pendiente de la biología estructural. Así, uno de los grandes enigmas que han inquietado a los biólogos, desde que Watson y Crick descubrieron la estructura del DNA, es el código oculto que hace que las moléculas portadoras de la información genética (ácidos nucleicos) adopten una estructura tridimensional determinada y el camino que recorren para hacerlo. La determinación experimental es a menudo imposible porque este proceso se da de forma muy rápida para seguirlo en el laboratorio. Por otro lado, la determinación teórica es también difícil porque hacer un seguimiento del plegamiento de un ácido nucleico mediante técnicas como la dinámica molecular implicaría centenares de años de cálculo en un PC.