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Conectarse al clúster ↩
Las cuentas son de uso personal e intransferible. Si el proyecto requiere el acceso de otra persona a la máquina, el responsable del proyecto será el encargado de hacer este tipo de peticiones.
Nodos de inicio de sesión (logins) ↩
| Clúster | Login nodes |
|---|---|
| MareNostrum 4 (GP) | mn1.bsc.es mn2.bsc.es mn3.bsc.es |
| CTE-ARM | armlogin1.bsc.es armlogin2.bsc.es |
Todas las conexiones deberán hacerse por SSH (Secure SHell), por ejemplo:
mylaptop$> ssh {username}@armlogin1.bsc.es
mylaptop$> ssh {username}@armlogin2.bsc.es
Cambiar la contraseña ↩
Por seguridad, resulta imprescindible que se cambie la primera contraseña.
Para cambiar la contraseña, hay que entrar en la máquina Storage (Data Transfer machine):
mylaptop$> ssh {username}@dt01.bsc.es
con el mismo username y password que en el clúster. Entonces, se tiene que ejecutar el comando 'passwd'.
La nueva contraseña será efectiva después de 10 minutos (aprox.).
Acceso desde/hacia el exterior ↩
Los logins de acceso son los únicos nodos accesibles desde el exterior, pero por razones de seguridad no disponen de conexión hacia el exterior.
Para transferir datos desde/hacia el clúster, se deberá ejecutar el comando 'scp', siempre desde la máquina externa.
Ejemplo de copia de ficheros/directorios desde MN4 hacia una máquina externa:
mylaptop$> scp -r {username}@dt01.bsc.es:"MN4_SOURCE_dir" "mylaptop_DEST_dir"
Ejemplo de copia de ficheros/directorios desde una máquina externa hacia MN4:
mylaptop$> scp -r "mylaptop_SOURCE_dir" {username}@dt01.bsc.es:"MN4_DEST_dir"
Directorios y sistemas de ficheros ↩
Existen varias áreas de espacio en disco. Cada área puede tener límites de tamaño y políticas de uso específicos.
Directorios básicos bajo FEFS ↩
FEFS (Fujitsu Exabyte File System) es un sistema de archivos de clúster escalable y con alta fiabilidad basado en Lustre.
Los directorios/sistemas de ficheros de FEFS disponibles y accesibles desde todos los nodos (logins y cómputo) son:
/apps (enlace simbólico a /fefs/apps): donde reside una gran variedad de aplicaciones y librerías ya instaladas para uso común. Los usuarios no pueden escribir en él./scratch (enlace simbólico a /fefs/scratch): es el único sistema de archivos destinado a ejecutar trabajos.
Directorios básicos bajo GPFS ↩
GPFS (General Parallel File System) es un sistema de archivos distribuido en red al que se puede acceder desde cualquier nodo del clúster y desde la máquina de transferencia de datos (dt01.bsc.es).
Directorios y sistemas de ficheros de GPFS disponibles:
/home (enlace simbólico a /gpfs/home): directorio personal con una cuota de espacio individual y capacidad más bien reducida. Es el área de trabajo por defecto tras el inicio de sesión, donde se pueden guardar códigos fuente, scripts y otros datos personales. No es apropiado para lanzar jobs; para tal fin se ha de usar /scratch./gpfs/projects: espacio destinado a almacenar datos que se deben compartir entre usuarios del mismo grupo o proyecto. La cuota de espacio es compartida por todos los miembros del grupo. Este sistema de archivos no está montado en los nodos de cómputo; debe transferir sus datos y ejecutar sus trabajos desde /scratch.
Ejecutar trabajos ↩
Lanzar a colas ↩
Para enviar trabajos a colas, se deben usar las directivas de PJM, por ejemplo:
Enviar un trabajo:
$> pjsub {job_script} # similar a 'sbatch' en SLURM
Mostrar todos los trabajos enviados:
$> pjstat # similar a 'squeue' en SLURM
Cancelar la ejecución de un trabajo:
$> pjdel {job_id} # similar a 'scancel' en SLURM
Ejecutar en interactivo ↩
Sesión interactiva
La asignación de una sesión interactiva debe realizarse a través de PJM, por ejemplo:
Iniciar sesión interactiva reservando un nodo de cómputo:
$> pjsub --interact -L node=1
Iniciar sesión interactiva reservando un nodo, especificando el 'rscgrp' (similar a 'qos' en SLURM) y la duración:
$> pjsub --interact -L node=1 -L rscgrp=large -L elapse=2:00:00
O también:
$> pjsub --interact -L node=1,rscgrp=large,elapse=2:00:00