Publicaciones

Exportar resultados como:

Mostrando 1 - 10 resultados de 10

2024

Systematic assessment of long-read RNA-seq methods for transcript identification and quantification

Nature Methods

F. J. Pardo-Palacios, D. Wang, F. Reese, M. Diekhans, S. Carbonell-Sala, B. Williams, J. E. Loveland, M. De María, M. S. Adams, G. Balderrama-Gutierrez, A. K. Behera, J. M. Gonzale Martinez, T. Hunt, J. Lagarde, C. E. Liang, H. Li, M. Jerryd Meade, D. A. Moraga Amador, A. D. Prjibelski, I. Birol, H. Bostan, A. M. Brooks, M. Hasan Çelik, Y. Chen, M. R. M. Du, C. Felton, J. Göke, S. Hafezqorani, R. Herwig, H. Kawaji, J. Lee, J-L. Li, M. Lienhard, A. Mikheenko, D. Mulligan, K. Ming Nip, M. Pertea, M. E. Ritchie, A. D. Sim, A. D. Tang, Y. Kei Wan, C. Wang, B. Y. Wong, C. Yang, I. Barnes, A. E. Berry, S. Capella-Gutierrez, A. Cousineau, N. Dhillon, J. M. Fernandez-Gonzalez, L. Ferrández-Peral, N. Garcia-Reyero, S. Götz, C. Hernández-Ferrer, L. Kondratova, T. Liu, A. Martinez-Martin, C. Menor, J. Mestre-Tomás, J. M. Mudge, N. G. Panayotova, A. Paniagua, D. Repchevsky, X. Ren, E. Rouchka, B. Saint-John, E. Sapena, L. Sheynkman, M. Laird Smith, M-M. Suner, H. Takahashi, I. A. Youngworth, P. Carninci, N. D. Denslow, R. Guigó, M. E. Hunter, R. Maehr, Y. Shen, H. U. Tilgner, B. J. Wold, C. Vollmers, A. Frankish, K. Fai Au, G. M. Sheynkman, A. Mortazavi, A. Conesa, and A. N. Brooks

2023

The landscape of expression and alternative splicing variation across human traits

Cell Genomics

R. García-Pérez, J. Miguel Ramirez, A. Ripoll-Cladellas, R. Chazarra-Gil, W. Oliveros, O. Soldatkina, M. Bosio, P. Joris Rognon, S. Capella-Gutierrez, M. Calvo, F. Reverter, R. Guigó, F. Aguet, P. G. Ferreira, K. G. Ardlie, and M. Melé

2021

Population-scale tissue transcriptomics maps long non-coding RNAs to complex disease

Cell

O. M. de Goede, D. C. Nachun, N. M. Ferraro, M. J. Gloudemans, A. S. Rao, C. Smail, T. Y. Eulalio, F. Aguet, B. Ng, J. Xu, et al.

2018

The reference epigenome and regulatory chromatin landscape of chronic lymphocytic leukemia

Nature Medicine

R. Beekman, V. Chapaprieta, N. Russiñol, R. Vilarrasa-Blasi, N. Verdaguer-Dot, J. H. A. Martens, M. Duran-Ferrer, M. Kulis, F. Serra, B. M. Javierre, S. W. Wingett, G. Clot, A. C. Queirós, G. Castellano, J. Blanc, M. Gut, A. Merkel, S. Heath, A. Vlasova, S. Ullrich, E. Palumbo, A. Enjuanes, D. Martín-García, S. Beà, M. Pinyol, M. Aymerich, R. Royo, M. Puiggròs, D. Torrents, A. Datta, E. Lowy, M. Kostadima, M. Roller, L. Clarke, P. Flicek, X. Agirre, F. Prosper, T. Baumann, J. Delgado, A. López-Guillermo, P. Fraser, M-L. Yaspo, R. Guigó, R. Siebert, M. A. Martí-Renom, X. S. Puente, C. López-Otín, I. Gut, H. G. Stunnenberg, E. Campo, and J. I. Martin-Subero

2017

ChimPipe: accurate detection of fusion genes and transcription-induced chimeras from RNA-seq data

BMC Genomics

B. Rodríguez-Martín, E. Palumbo, S. Marco-Sola, T. Griebel, P. Ribeca, G. Alonso, A. Rastrojo, B. Aguado, R. Guigó, and S. Djebali

2013

2012

Evidence for transcript networks composed of chimeric RNAs in human cells.

PloS one

S. Djebali, J. Lagarde, P. Kapranov, V. Lacroix, C. Borel, J. M. Mudge, C. Howald, S. Foissac, C. Ucla, J. Chrast, P. Ribeca, D. Martin, R. R. Murray, X. Yang, L. Ghamsari, C. Lin, I. Bell, E. Dumais, J. Drenkow, M. L. Tress, J L. Gelpí, M. Orozco, A. Valencia, N. L. van Berkum, B. R. Lajoie, M. Vidal, J. Stamatoyannopoulos, P. Batut, A. Dobin, J. Harrow, T. Hubbard, J. Dekker, A. Frankish, K. Salehi-Ashtiani, A. Reymond, S. E. Antonarakis, R. Guigó, and T. R. Gingeras
BLUEPRINT to decode the epigenetic signature written in blood.

Nature biotechnology

D. Adams, L. Altucci, S. E. Antonarakis, J. Ballesteros, S. Beck, A. Bird, C. Bock, B. Boehm, E. Campo, A. Caricasole, F. Dahl, E. T. Dermitzakis, T. Enver, M. Esteller, X. Estivill, A. Ferguson-Smith, J. Fitzgibbon, P. Flicek, C. Giehl, T. Graf, F. Grosveld, R. Guigó, I. Gut, K. Helin, J. Jarvius, R. Küppers, H. Lehrach, T. Lengauer, A. Lernmark, D. Leslie, M. Loeffler, E. Macintyre, A. Mai, J H. Martens, S. Minucci, W. H. Ouwehand, P G. Pelicci, H. Pendeville, B. Porse, V. Rakyan, W. Reik, M. Schrappe, D. Schübeler, M. Seifert, R. Siebert, D. Simmons, N. Soranzo, S. Spicuglia, M. Stratton, H. G. Stunnenberg, A. Tanay, D. Torrents, A. Valencia, E. Vellenga, M. Vingron, J. Walter, and S. Willcocks

2011

Whole-genome sequencing identifies recurrent mutations in chronic lymphocytic leukaemia.

Nature

X. S. Puente, M. Pinyol, V. Quesada, L. Conde, G. R. Ordóñez, N. Villamor, G. Escaramis, P. Jares, S. Beà, M. González-Díaz, L. Bassaganyas, T. Baumann, M. Juan, M. López-Guerra, D. Colomer, J. M. C. Tubío, C. López, A. Navarro, C. Tornador, M. Aymerich, M. Rozman, J. M. Hernández, D. A. Puente, J. M. P. Freije, G. Velasco, A. Gutiérrez-Fernández, D. Costa, A. Carrió, S. Guijarro, A. Enjuanes, L. Hernández, J. Yagüe, P. Nicolás, C. M. Romeo-Casabona, H. Himmelbauer, E. Castillo, J. C. Dohm, S. de Sanjosé, M. A. Piris, E. de Alava, J. San Miguel, R. Royo, J L. Gelpí, D. Torrents, M. Orozco, D. G. Pisano, A. Valencia, R. Guigó, M. Bayés, S. Heath, M. Gut, P. Klatt, J. Marshall, K. Raine, L. A. Stebbings, A. P. Futreal, M. R. Stratton, P. J. Campbell, I. Gut, A. López-Guillermo, X. Estivill, E. Montserrat, C. López-Otín, and E. Campo