Spanish National Bioinformatics Institute (INB)/ELIXIR-ES, Computational team

Primary tabs

Showing 31 - 60 results of 106

2019

The bio.tools registry of software tools and data resources for the life sciences

Genome Biology

J. Ison, H. Ienasescu, P. Chmura, E. Rydza, H. Ménager, M. Kalaš, V. Schwämmle, B. Grüning, N. Beard, R. Lopez, S. Duvaud, H. Stockinger, B. Persson, R. Svobodová Vařeková, T. Raček, J. Vondrášek, H. Peterson, A. Salumets, I. Jonassen, R. Hooft, T. Nyrönen, A. Valencia, S. Capella, J. Gelpí, F. Zambelli, B. Savakis, B. Leskošek, K. Rapacki, C. Blanchet, R. Jimenez, A. Oliveira, G. Vriend, O. Collin, J. van Helden, P. Løngreen, and S. Brunak
MuGVRE. A virtual research environment for 3D/4D genomics

Biorxiv

L. Codó, G. Bayarri, J. Álvarez Cid-Fuentes, J. Conejero, A. Hospital, R. Royo, D. Repchevsky, M. Pasi, M. D. McDowall, F. Serra, R. M. Badia, M. Orozco, and J L.. Gelpi

2018

Metadata to Describe Genomic Information

IOS Press Ebooks

J. Delgado, D. Naro, S. Llorente, J L. Gelpí, and R. Royo
Genetic variation at the glycosaminoglycan metabolism pathway contributes to the risk of psoriatic arthritis but not psoriasis

Annals of the Rheumatic Diseases

A. Aterido, J. D. Cañete, J. Tornero, C. Ferrándiz, J. Antonio Pinto, J. Gratacós, R. Queiró, C. Montilla, J C. Torre-Alonso, J. J. Pérez-Venegas, A. Fernández Nebro, S. Muñoz-Fernández, C. M. González, D. Roig, P. Zarco, A. Erra, J. Rodríguez, S. Castañeda, E. Rubio, G. Salvador, C. Díaz-Torné, R. Blanco, A. Willisch Domínguez, J. Antonio Mosquera, P. Vela, S. Angel Sánchez-Fernández, H. Corominas, J. Ramírez, P. de la Cueva, E. Fonseca, E. Fernández, L. Puig, E. Dauden, J L. Sánchez-Carazo, J L. López-Estebaranz, D. Moreno, F. Vanaclocha, E. Herrera, F. Blanco, B. Fernández‐Gutiérrez, A. González, C. Pérez-García, M. Alperi‐López, A. Olivé Marques, V. Martínez‐Taboada, I. González-Álvaro, R. Sanmartí, C. Tomás Roura, A. C. García-Montero, S. Bonàs-Guarch, J M. Mercader, D. Torrents, L. Codó, J. Lluis Gelpí, M. López-Corbeto, A. Pluma, M. López-Lasanta, R. Tortosa, N. Palau, D. Absher, R. Myers, S. Marsal, and A. Julià
The reference epigenome and regulatory chromatin landscape of chronic lymphocytic leukemia

Nature Medicine

R. Beekman, V. Chapaprieta, N. Russiñol, R. Vilarrasa-Blasi, N. Verdaguer-Dot, J. H. A. Martens, M. Duran-Ferrer, M. Kulis, F. Serra, B. M. Javierre, S. W. Wingett, G. Clot, A. C. Queirós, G. Castellano, J. Blanc, M. Gut, A. Merkel, S. Heath, A. Vlasova, S. Ullrich, E. Palumbo, A. Enjuanes, D. Martín-García, S. Beà, M. Pinyol, M. Aymerich, R. Royo, M. Puiggròs, D. Torrents, A. Datta, E. Lowy, M. Kostadima, M. Roller, L. Clarke, P. Flicek, X. Agirre, F. Prosper, T. Baumann, J. Delgado, A. López-Guillermo, P. Fraser, M-L. Yaspo, R. Guigó, R. Siebert, M. A. Martí-Renom, X. S. Puente, C. López-Otín, I. Gut, H. G. Stunnenberg, E. Campo, and J. I. Martin-Subero

2017

Four simple recommendations to encourage best practices in research software

F1000Research

R. C. Jiménez, M. Kuzak, M. Alhamdoosh, M. Barker, B. Batut, M. Borg, S. Capella-Gutierrez, N. Chue Hong, M. Cook, M. Corpas, M. Flannery, L. Garcia, J L. Gelpí, S. Gladman, C. Goble, M. González Ferreiro, A. Gonzalez-Beltran, P. C. Griffin, B. Grüning, J. Hagberg, P. Holub, R. Hooft, J. Ison, D. S. Katz, B. Leskošek, F. López Gómez, L. J. Oliveira, D. Mellor, R. Mosbergen, N. Mulder, Y. Perez-Riverol, R. Pergl, H. Pichler, B. Pope, F. Sanz, M. V. Schneider, V. Stodden, R. Suchecki, R. Svobodová Vařeková, H-A. Talvik, I. Todorov, A. Treloar, S. Tyagi, M. van Gompel, D. Vaughan, A. Via, X. Wang, N. S. Watson-Haigh, and S. Crouch
Structural and energetic study of cation–π–cation interactions in proteins

Physical Chemistry Chemical Physics

S. Pinheiro, I. Soteras, J L. Gelpí, F. Dehez, C. Chipot, J. F. Luque, and C. Curutchet
Genome-wide pathway analysis identifies VEGF pathway association with oral ulceration in systemic lupus erythematosus

Arthritis Research & Therapy

A. Aterido, A. Julià, P. Carreira, R. Blanco, J. Javier López-Longo, J. Javier Pé Venegas, À. Olivé, J. Luís Andreu, M. Ángeles Aguirre-Zamorano, P. Vela, J. M. Nolla, J. Luís Mare de la Fuente, A. Zea, J. María Pego, M. Freire, E. Díez, M. López-Lasanta, M. López-Corbeto, N. Palau, R. Tortosa, J L. Gelpí, D. Absher, R. M. Myers, A. Fernández-Nebro, and S. Marsal
PMut: a web-based tool for the annotation of pathological variants on proteins, 2017 update

Nucleic Acids Research

V. López-Ferrando, A. Gazzo, X. de la Cruz, M. Orozco, and J L. Gelpí
The Multiple Roles of Waters in Protein Solvation

The Journal of Physical Chemistry B

A. Hospital, M. Candotti, J L. Gelpí, and M. Orozco

2016

Decoding the DNA Methylome of Mantle Cell Lymphoma in the Light of the Entire B Cell Lineage

Cancer Cell

A. C. Queirós, R. Beekman, R. Vilarrasa-Blasi, M. Duran-Ferrer, G. Clot, A. Merkel, E. Raineri, N. Russiñol, G. Castellano, S. Beà, A. Navarro, M. Kulis, N. Verdaguer-Dot, P. Jares, A. Enjuanes, M. José Calasanz, A. Bergmann, I. Vater, I. Salaverria, H. J. G. van de Werken, W. H. Wilson, A. Datta, P. Flicek, R. Royo, J. Martens, E. Giné, A. López-Guillermo, H. G. Stunnenberg, W. Klapper, C. Pott, S. Heath, I. G. Gut, R. Siebert, E. Campo, and J. I. Martín-Subero
The BLUEPRINT Data Analysis Portal

Cell Systems

J. MaríaFernández, V. de la Torre, D. Richardson, R. Royo, M. Puiggròs, V. Moncunill, S. Fragkogianni, L. Clarke, P. Flicek, D. Rico, D. Torrents, E. Carrillo d Pau, and A. Valencia
Long-timescale dynamics of the Drew–Dickerson dodecamer

Nucleic Acids Research

P. D. Dans, L. Danilāne, I. Ivani, T. Dršata, F. Lankaš, A. Hospital, J. Walther, R. Illa Pujagut, F. Battistini, J L. Gelpí, R. Lavery, and M. Orozco
Epigenomic analysis detects aberrant super-enhancer DNA methylation in human cancer

Genome Biology

H. Heyn, E. Vidal, H. J. Ferreira, M. Vizoso, S. Sayols, A. Gomez, S. Morán, R. Boque-Sastre, S. Guil, A. Martinez-Cardus, C. Y. Lin, R. Royo, J. V. Sanchez-Mut, R. Martinez, M. Gut, D. Torrents, M. Orozco, I. Gut, R. A. Young, and M. Esteller
BIGNASim: A NoSQL database structure and analysis portal for nucleic acids simulation data

Nucleic Acids Research

A. Hospital, P. Andrio, C. Cugnasco, L. Codó, Y. Becerra, P. Dans, F. Battistini, J. Torres, R. Goñi, M. Orozco, and J L. Gelpí
A genome-wide association study identifies SLC8A3 as a susceptibility locus for ACPA-positive rheumatoid arthritis.

Rheumatology

A. Julià, I. González, A. Fernández-Nebro, F. Blanco, L. Rodriguez, A. González, J. D. Cañete, J. Maymó, M. Alperi-López, A. Olivé, H. Corominas, V. Martínez-Taboada, A. Erra, S. Sánchez-Fernández, A. Alonso, M. López-Lasanta, R. Tortosa, L. Codó, J L. Gelpí, A. C. García-Montero, J. Bertranpetit, D. Absher, L. S Bridges, R. M. Myers, J. Tornero, and S. Marsal
Parmbsc1: a refined force field for DNA simulations

Nature Methods

I. Ivani, P. D. Dans, A. Noy, A. Pérez, I. Faustino, A. Hospital, J. Walther, P. Andrio, R. Goñi, A. Balaceanu, G. Portella, F. Battistini, J L. Gelpí, C. González, M. Vendruscolo, C. A. Laughton, S. A. Harris, D. A. Case, and M. Orozco
Genome-Wide Pathway Analysis Identifies Genetic Pathways Associated with Psoriasis

Journal of Investigative Dermatology

A. Aterido, A. Julià, C. Ferrándiz, L. Puig, E. Fonseca, E. Fernández-López, E. Dauden, J L. Sánchez-Carazo, J L. López-Estebaranz, D. Moreno-Ramírez, F. Vanaclocha, E. Herrera, P. de la Cueva, N. Dand, N. Palau, A. Alonso, M. López-Lasanta, R. Tortosa, A. García-Montero, L. Codó, J L. Gelpí, J. Bertranpetit, D. Absher, F. Capon, R. M. Myers, J. N. Barker, and S. Marsal

2015

Molecular dynamics simulations: advances and applications.

Advances and Applications in Bioinformatics and Chemistry

A. Hospital, J. Ramon Goñi, M. Orozco, and J L. Gelpí
PACSAB: Coarse-Grained Force Field for the Study of Protein-Protein Interactions and Conformational Sampling in Multiprotein Systems

Journal of Chemical Theory and Computation

A. Emperador, P. Sfriso, M. Ariel Villarreal, J L. Gelpí, and M. Orozco
Inntags: small self-structured epitopes for innocuous protein tagging

Nature Methods

M. V. Georgieva, G. Yahya, L. Codó, R. Ortiz, L. Teixidó, J. Claros, R. Jara, M. Jara, A. Iborra, J L. Gelpí, C. Gallego, M. Orozco, and M. Aldea
A deletion at ADAMTS9-MAGI1 locus is associated with psoriatic arthritis risk.

Annals of the Rheumatic Diseases

A. Julià, J. Antonio Pinto, J. Gratacós, R. Queiró, C. Ferrándiz, E. Fonseca, C. Montilla, J C. Torre-Alonso, L. Puig, J. Javier Pé Venegas, A. Fernández Nebro, E. Fernández, S. Muñoz-Fernández, E. Dauden, C. González, D. Roig, J. Luís Sán Carazo, P. Zarco, A. Erra, J. Luís Lóp Estebaranz, J. Rodríguez, D. Moreno Ramírez, P. de la Cueva, F. Vanaclocha, E. Herrera, S. Castañeda, E. Rubio, G. Salvador, C. Díaz-Torné, R. Blanco, A. Willisch Domínguez, J. Antonio Mosquera, P. Vela, J. Tornero, S. Sánchez-Fernández, H. Corominas, J. Ramírez, M. López-Lasanta, R. Tortosa, N. Palau, A. Alonso, A. C. García-Montero, J L. Gelpí, L. Codó, K. Day, D. Absher, R. M. Myers, J. D. Cañete, and S. Marsal
Mutations in JMJD1C are involved in Rett syndrome and intellectual disability

Genetics in Medicine

M. A. Sáez, J. Fernández-Rodríguez, C. Moutinho, J. V. Sánchez-Mut, A. Gomez, E. Vidal, P. Petazzi, K. Szczesna, P. Lopez-Serra, M. Lucariello, P. Lorden, R. Delgado-Morales, O. J. de la Caridad, D. Huertas, J L. Gelpí, M. Orozco, A. López-Doriga, M. Milà, L. A. Perez-Jurado, M. Pineda, J. Armstrong, C. Lázaro, and M. Esteller
Non-coding recurrent mutations in chronic lymphocytic leukaemia

Nature

X. S. Puente, S. Beà, R. Valdés-Mas, N. Villamor, J. Gutiérrez-Abril, J. I. Martín-Subero, M. Munar, C. Rubio-Pérez, P. Jares, M. Aymerich, T. Baumann, R. Beekman, L. Belver, A. Carrió, G. Castellano, G. Clot, E. Colado, D. Colomer, D. Costa, J. Delgado, A. Enjuanes, X. Estivill, A. A. Ferrando, J L. Gelpí, B. González, S. González, M. González, M. Gut, J. M. Hernández-Rivas, M. López-Guerra, D. Martín-García, A. Navarro, P. Nicolás, M. Orozco, Á. R. Payer, M. Pinyol, D. G. Pisano, D. A. Puente, A. C. Queirós, V. Quesada, C. M. Romeo-Casabona, C. Royo, R. Royo, M. Rozman, N. Russiñol, I. Salaverria, K. Stamatopoulos, H. G. Stunnenberg, D. Tamborero, M. J. Terol, A. Valencia, N. López-Bigas, D. Torrents, I. Gut, A. López-Guillermo, C. López-Otín, and E. Campo
SEABED: Small molEcule activity scanner weB servicE baseD

Bioinformatics

C. Fenollosa, M. Otón, P. Andrio, J. Cortés, M. Orozco, and R. J Goñi
Identification of Risk Loci for Crohn's Disease Phenotypes Using a Genome-wide Association Study.

Gastroenterology

A. Alonso, E. Domènech, A. Julià, J. Panés, V. García-Sánchez, P. Nos Mateu, A. Gutiérrez, F. Gomollón, J. L. Mendoza, E. García-Planella, M. Barreiro- de Acosta, F. Muñoz, M. Vera, C. Saro, M. Esteve, M. Andreu, M. Chaparro, J. Manyé, E. Cabré, M. López-Lasanta, R. Tortosa, J L. Gelpí, A. C. García-Montero, J. Bertranpetit, D. Absher, R. Myers, S. Marsal, and J. P. Gisbert

2014

High Throughput Computational Studies of Macromolecular Structure Flexibility

A. Hospital, J L. Gelpí, and M. Orozco
Discrete Molecular Dynamics

Computational Approaches to Protein Dynamics: From Quantum to Coarse-Grained Methods

P. Sfriso, A. Emperador, J L. Gelpí, and M. Orozco
Effects of cadmium and mercury on the upper part of skeletal muscle glycolysis in mice.

PLoS One

M. JoséRamírez-Bajo, P. de Atauri, F. Ortega, H. V. Westerhoff, J L. Gelpí, J. J. Centelles, and M. Cascante
A genome-wide association study identifies a novel locus at 6q22.1 associated with ulcerative colitis.

Hum Mol Genet

A. Julià, E. Domènech, M. Chaparro, V. García-Sánchez, F. Gomollón, J. Panés, M. Mañosa, M. Barreiro-de Acosta, A. Gutiérrez, E. García-Planella, M. Aguas, F. Muñoz, M. Esteve, J. L. Mendoza, M. Vera, L. Márquez, R. Tortosa, M. López-Lasanta, A. Alonso, J L. Gelpí, A. C. García-Montero, J. Bertranpetit, D. Absher, R. M. Myers, J. P. Gisbert, and S. Marsal

Pages